绝对定量蛋白质组学（MRM）
利用MRM技术与同位素稀释相结合，通过对比已知浓度的标记标准品与待测样子目标离峰面积信息，从而推算分析物含量。具有灵敏度高、重现性好、准确度高和通量高等技术优势。
iTRAQ
在质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记的不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。而在串联质谱中，信号离子表现为不同质荷比(114～117)的峰，因此，根据波峰的高度及面积，可以得到蛋白质的定量信息。
单一蛋白的高覆盖度分析
iTRAQ/TMT蛋白组定量分析 SILAC蛋白组定量分析 Label Free非标定量分析 半定量分析（spectral count） 鸟枪法蛋白全谱分析 2D蛋白胶点鉴定 单一蛋白高覆盖度分析
磷酸化蛋白质鉴定和定量
对样本进行酶解，TiO2或IMAC富集磷酸化肽段，5600-plus质谱检测，利用得到的质谱谱图与数据库搜索比较，从而得到肽段序列结果，计算出磷酸化位点。磷酸化蛋白选择iTRAQ定量或SWATH定量
药物多肽的全序列测定
药物多肽的全序列测定采用埃德曼技术，其特点:1、蛋白质/多肽的N末端氨基酸序列测定2、能连续测定N端60个以上的氨基酸序列3、样品来源:天然提取（动物/植物/微生物）；合成多肽；表达重组等